Enfin, des fouilles plus récentes ont permis de redécouvrir la ville médiévale autour de l’ancienne cathédraleAu XIXème siècle, au sein de la Société Académique de l’Arrondissement de Boulogne-sur-Mer, des érudits locaux tels que l’Abbé Daniel Haigneré, puis E.-T. Hamy et le Docteur H.-E. Sauvage mènent les premières campagnes de fouilles archéologiques. Ainsi, ils mettent au jour les vestiges du passé antique et médiéval de la Ville qui constituent aujourd’hui encore une grande partie des exceptionnelles collections du Musée.  

Du I^er au IV^ème siècle de notre ère, Bononia est le siège de la Flotte de Bretagne. Les découvertes du camp, du port et des nécropoles de la cité romaine en font l’un des sites les plus remarquables du Nord de la Gaule. 

Par la suite, cette importance ne se dément pas avec les splendeurs des nécropoles mérovingiennes du Boulonnais. Né du métissage des Gallo-romains et des Francs, l’artisanat mérovingien s’illustre particulièrement par ses trésors d’orfèvrerie.   

Enfin, des fouilles plus récentes ont permis de redécouvrir la ville médiévale autour de l’ancienne cathédrale, haut-lieu du pèlerinage à la Vierge nautonière depuis le XII^ème siècle.

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